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L’étude des séquences d’acides nucléiques, a permis de résoudre certaines relations phylogénétiques au sein des algues brunes, en particulier les premières divergences. Les séquences d’ADN codant pour les ARNr 18S et 28S ainsi que celles du gène chloroplastique rbcL ont permis de construire les premières phylogénies complètes des Phaeophyceae qui ont montré que le genre Choristocarpus est le premier à diverger suivi successivement par l’ordre des Dictyotales, celui des Sphacelariales et celui des Syringodermatales. Les autres lignées constituent un large clade, nommé clade A, constitué des représentants des autres ordres (Fucales, Laminariales s.l., Ectocarpales, Desmarestiales, Cutleriales, Tilopteridales, Sporochnales, Scytothamnales, Ralfsiales). Ces gènes ont permis de confirmer le caractère monophylétique de la majorité des ordres et nous ont également permis de préciser la position du genre Microzonia au sein des Syringodermatales et qui était jusqu’à présent placé dans Dictyotales ou les Cutleriales. Ces résultats sont soutenus par des valeurs statistiques élevées ainsi que de nombreux caractères morphologiques. Cependant ces marqueurs moléculaires n’ont pas permis de résoudre les relations entre les ordres à l’intérieur du clade A. La recherche d’autres marqueurs s’est donc avérée nécessaire. Les gènes chloroplastiques codant le tufA et l' atpB ont été choisis et ajoutés à notre jeu de données pour résoudre les relations inter-ordinales au sein du clade A. Ces nouvelles séquences ont permis d’établir de nouvelles relations phylogénétiques au sein du clade A où trois groupes monophylétiques ont été mis en évidence.

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