Clinical Value of Massive Parallel HIV-1 Sequencing in Antiretroviral Treatment-experienced Subjects
Els test de resistència al antiretrovirals són utilitzats en la pràctica clínica per la personalització del tractament antiretroviral (TARV) de les persones infectades pel VIH-1. La seqüenciació poblacional (SP) és la tècnica més emprada pel genotipat del VIH-1 obtenint una bona correlació amb la resposta clínica dels pacients. No obstant, la baixa sensibilitat de la SP pel que fa a la detecció de mutacions de resistència als antiretrovirals (DRM) o soques X4-tròpiques presents en baixes prevalences pot comprometre l'eficàcia del TARV. L'aplicació de noves tècniques de seqüenciació massiva pel genotipat del VIH-1 (genotipat ultrasensible) permetria una caracterització de la població viral amb major resolució optimitzant el TARV. L'objectiu d'aquesta tesi era avaluar el valor clínic del genotipat ultrasensible pel maneig clínic de pacients infectats pel VIH-1 que han estat exposats a TARV. Durant la utilització de 454 sequencing per la determinació del tropisme viral, 454 sequencing va obtenir una major concordança amb ESTA (Enhanced Sensitivity TrofileTM Assay) en l'anàlisi de l'ARN viral. Tot i que la SP tenia una menor sensibilitat respecte 454 sequencing, la seva elevada especificitat li va permetre obtenir una millor precisió. Anàlisis filogenètics a partir de dades obtingudes per 454 sequencing van revelar que, encara que les determinacions eren equivalents entre amdós compartiments, en alguns pacients es va observar compartimentalització de seqüències pel que fa als haplotips i a la seva prevalença. Aquesta compartimentalització podria comprometre la determinació del tropisme viral en funció del compartiment que s'analitzi. Durant aquest treball també es va fer la validació de la SP per determinacions del tropisme a partir d'ADN proviral en un assaig clínic prospectiu i aleatoritzat. Aquest assaig va demostrar ser útil per guiar canvis de tractament antiretroviral que incloguin antagonistes de CCR5. De tota manera, 454 sequencing va ser capaç de detectar variants X4 tròpiques en dos pacients prèviament classificats com a R5 tròpics per SP. Pel que fa a la detecció de DRM en el gen pol, 454 sequencing va demostrar ser no-inferior a la SP durant l'avaluació de la susceptibilitat al tractament antiretroviral. Cal destacar que 454 sequencing va aportar informació genotípica addicional en la majoria dels pacients, encara que aquesta modifiqués poques prediccions de susceptibilitat. A més, aquesta tecnologia va ser utilitzada per explorar l'origen de les DRM en el gen de la integrasa del VIH-1, demostrant que virus mutants detectats durant el fracàs virològic poden ésser originats a partir de virus mutants minoritaris preexistents. En resum, aquesta tesi ha mostrat la utilitat clínica del genotipat ultrasensible del VIH-1 en pacients experimentats al TARV. 454 sequencing ha permès una profunda caracterització de la diversitat viral dins l'hoste, facilitant l'estudi l'evolució viral i la seva patogènesi del VIH-1. A més, l'estandarització i automatització dels protocols de 454 sequencing permetria la implementació d'aquesta tecnologia pel diagnòstic del VIH-1.