Pondok Pesantren bukanlah institusi pendidikan yang baru, melainkan institusi pendidikan yang tertua di Indonesia. Bahkan jika dibandingkan dengan lembaga pendidikan yang pernah muncul di Indonesia pesantren dianggap sebagai produk budaya Indonesia yang Indigenouse (asli). Pada zaman penjajahan, institusi ini bukan hanya tempat membina ilmu saja, tetapi juga di jadikan basis perjuangan mengusir penjajahan bangsa-bangsa asing seperti Belanda dan Jepang.
Dalam pendidikan pesantren figur kiyai sangat kental keberadaannya sebagai seorang yang dihormati. Biasanya kiyai adalah seorang pendiri sekaligus pemilik pesantren yang mengajarkan ilmu-ilmu agama kepada siswa peserta didiknya yang disebut santri/santriah. Cara pengajarannya sangat unik, dikenal dua cara yang paling umum digunakan yaitu Bandongan dan Sorogan. Metode bandongan atau layanan kolektif mengharuskan para santri/santriahnya mendengarkan kiai membaca naskah-naskah keagamaan yang berbahasa arab sambil memberi catatan. Metode sorogan adalah santri/santriah yang membacakan kitab, sementara kiyai atau ustadz yang sudah mahir menyimak sambil mengevaluasi bacaan santri/santriah. Para santri/santriah yang mendapatkan pendidikan di pesantren ini ada yang tinggal di asrama dikenal dengan nama santri/santriah Mukim dan ada yang tinggal di rumahnya masing-masing dikenal dengan nama Santri/santriah Kalong.